А. А. Шовкуненко – автор многочисленных портретов деятелей искусства, ученых и знатных людей страны, пейзажей и натюрмортов. В 1937 году был награжден золотой медалью парижской международной выставки «Искусство и техника в современной жизни» за серию акварелей «Днепрострой». Кроме масляной живописи, много работал в технике акварели, а в последние годы - пастели. Имя Алексея Алексеевича Шовкуненко носит Херсонский областной художественный музей.